Актуальность программно-целевого управления школой заключается в том, что в связи с развитием определенной автономизации школы, увеличением прав администрации, введением школьного компонента в содержание образования у школы появляется большая свобода «маневра», возможность выбора пути развития. С другой стороны, школа должна обеспечить выполнение социального заказа («гостандарта») и «вписаться» в региональную программу развития. Появившаяся у учеников возможность выбора школы и растущее многообразие новых типов образовательных заведений приводит к тому, что школы, не имеющие своего «лица», своей «изюминки», просто теряют учащихся.

Комплексно-целевая программа позволяет обеспечить индивидуальную траекторию развития ОУ. Она помогает не только выбрать адекватную имеющимся возможностям стратегию развития, но и увязать различные изменения, чтобы получить максимальный для этих возможностей результат.

Кроме того, на современном этапе развития образования государство обеспечивает финансовую поддержку качественных проектов развития ОУ. Наиболее эффективными являются целевые программы.